I have been working as a researcher at the Pamukkale University, Faculty of Science and Literature, Department of Biology since 2006. Under the main objective of my M.Sc. and Ph.D. studies, I have been studying identification of larvae and exuviae of chironomids (Diptera: Insecta); subfossil chironomid training set and transfer function modeling. http://gkakyildiz.pau.edu.tr
Interests: R statistical computing, SWEAVE, JAVA, MySQL, Php, Javascript, Latex, Blender 3D
Thursday, June 18, 2015
Saturday, October 25, 2014
How to Install Netbeans IDE 8.01 on Ubuntu
After a long while with Netbeans IDE 7.4, I decided upgrade to new released version of Netbeans IDE 8.0.1. Here I give some recommended steps before install IDE 8.0.1 on your Ubuntu Linux OS.
1. Uninstall previous version of Netbeans: Your default "uninstall.sh" file in the /home/userName/Netbeans7.x.x folder is doing this job.
2. Update your JRE and JDK: Before update, enter "java -version" into terminal to check your current version of JAVA.
3. To install OpenJDK 7, execute the following command:
1. Uninstall previous version of Netbeans: Your default "uninstall.sh" file in the /home/userName/Netbeans7.x.x folder is doing this job.
2. Update your JRE and JDK: Before update, enter "java -version" into terminal to check your current version of JAVA.
3. To install OpenJDK 7, execute the following command:
sudo apt-get install openjdk-7-jre
This will install the Java Runtime Environment (JRE).
4. If you instead need the Java Development Kit (JDK), execute the following command:
sudo apt-get install openjdk-7-jdk
5. Run "netbeans-8.0.1-linux.sh" through the terminal.
Monday, March 24, 2014
The requested URL /phpmyadmin was not found on this server. Apache/2.2.22 (Ubuntu) Server at localhost Port 80
The problem is that the required line in the Apache configuration file that can serve webpages for phpmyadmin is not included. Here are some commands you should type in terminal to fix this:
sudo dpkg-reconfigure -plow phpmyadmin
This command configures the installation of phpmyadmin and copy the file for phpmyadmin to the correct path. Then check again the configuration.
grep phpmyadmin /etc/apache2/apache2.conf
And reload apache again
sudo /etc/init.d/apache2 reload
If the all commands above is unsuccessful, type the following commands:
sudo ln -s /etc/phpmyadmin/apache.conf /etc/apache2/conf.d/phpmyadmin.conf
sudo /etc/init.d/apache2 reload
And check your browser one more time: localhost/phpmyadmin It should work....
sudo dpkg-reconfigure -plow phpmyadmin
This command configures the installation of phpmyadmin and copy the file for phpmyadmin to the correct path. Then check again the configuration.
grep phpmyadmin /etc/apache2/apache2.conf
And reload apache again
sudo /etc/init.d/apache2 reload
If the all commands above is unsuccessful, type the following commands:
sudo ln -s /etc/phpmyadmin/apache.conf /etc/apache2/conf.d/phpmyadmin.conf
sudo /etc/init.d/apache2 reload
And check your browser one more time: localhost/phpmyadmin It should work....
Sunday, February 16, 2014
xtable in knitr
Here i am going to give an example of xtable package in knitr. We use cars data which comes default through the R
The summary data of cars:
summary(cars)
## speed dist
## Min. : 4.0 Min. : 2
## 1st Qu.:12.0 1st Qu.: 26
## Median :15.0 Median : 36
## Mean :15.4 Mean : 43
## 3rd Qu.:19.0 3rd Qu.: 56
## Max. :25.0 Max. :120
```{r table1, results='asis'}
library(xtable)
data(cars)
print(xtable(summary(cars), caption = "Cars Data",
floating = FALSE, label = "tab:coef"), type = "html", include.rownames = F)
```
library(xtable)
data(cars)
print(xtable(summary(cars), caption = "Cars Data", floating = FALSE, label = "tab:coef"),
type = "html", include.rownames = F)
speed | dist |
---|---|
Min. : 4.0 | Min. : 2 |
1st Qu.:12.0 | 1st Qu.: 26 |
Median :15.0 | Median : 36 |
Mean :15.4 | Mean : 43 |
3rd Qu.:19.0 | 3rd Qu.: 56 |
Max. :25.0 | Max. :120 |
## <!-- html table generated in R 2.15.1 by xtable 1.7-1 package -->
## <!-- Sun Feb 16 23:55:02 2014 -->
## <TABLE border=1>
## <CAPTION ALIGN="bottom"> Cars Data </CAPTION>
## <TR> <TH> speed </TH> <TH> dist </TH> </TR>
## <TR> <TD> Min. : 4.0 </TD> <TD> Min. : 2 </TD> </TR>
## <TR> <TD> 1st Qu.:12.0 </TD> <TD> 1st Qu.: 26 </TD> </TR>
## <TR> <TD> Median :15.0 </TD> <TD> Median : 36 </TD> </TR>
## <TR> <TD> Mean :15.4 </TD> <TD> Mean : 43 </TD> </TR>
## <TR> <TD> 3rd Qu.:19.0 </TD> <TD> 3rd Qu.: 56 </TD> </TR>
## <TR> <TD> Max. :25.0 </TD> <TD> Max. :120 </TD> </TR>
## <A NAME=tab:coef></A>
## </TABLE>
The rest, you are able to add some style by using CSS…Wednesday, February 12, 2014
How to upgrade R version on Ubuntu
There are lots of directives on the web how to upgrade R version or installing the latest version of R. Here I am going to tell the clearest and success way that I have done.
Open your terminal (Ctrl+Alt+T)
Open your terminal (Ctrl+Alt+T)
1. Uninstall current R version on your system
3. Add key to sign CRAN packages
sudo apt-get remove r-base-core
2. Add cran.rstudio deb to sources.listsudo nano /etc/apt/sources.list
Paste the below code in to your sources.listdeb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu precise/
My version is "precise". That's why the line ends with "precise". You can learn your Ubuntu version:lsb_release -a
Codename is your version....3. Add key to sign CRAN packages
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
4. Add PPA (for CRAN) to your systemsudo add-apt-repository ppa:marutter/rdev
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
5. Install R again
sudo apt-get install r-base
If you want to check the version of your R. Open terminal, enter R and type:
version
That's all.....
Tuesday, January 14, 2014
The Full Compilation Cycle In TeXMaker
As you know, we have to run pdflatex twice afterwards to get the document fully compiled. To run pdflatex at once causes a problem to compile \tableofcontents or \bibliography. If you want to be able to perform the full compilation cycle and view the finished *.pdf file, you have to do some sort of things:
- click "Options" menuitem on TexMaker menubar
- choose "Configure Texmaker"
- choose "Quick Build" dialog from the pane on left hand side
- click "Wizard" button
- and choose the following sequence:
- PdfLaTeX
- Bibtex
- PdfLaTex
- PdfLaTex
- Pdf Viewer
Afterwards, to view your finished *.pdf file, just press F1
Tuesday, December 31, 2013
Accidentally removed default gnome panel applications
If you accidentally remove the default Gnome panel menu on the top right which is containing clock, mail, volume, internet connection, user account, shutdown menu items:
Hold 'Super' + 'Alt' + Right Click
Add to Panel
then
Search for 'Indicator applet complete' menu item.
Everything should be be back to normal.
Hold 'Super' + 'Alt' + Right Click
Add to Panel
then
Search for 'Indicator applet complete' menu item.
Everything should be be back to normal.
Monday, December 30, 2013
LAMP Server Setup (WAMP alternative) on UBUNTU
LAMP is an acronym of Linux, Apache, PHP and MySQL bundle. These four components are all free and open-source software. The last three components depends on client. Here I am going to describe how to setup a LAMP bundle includes Apache, PHP and MySQL software. Linux operating system should already be established. Therefore, we have to setup the last components "AMP".
Run Terminal (Ctrl+Alt + T)
sudo apt-get install apache2
sudo apt-get install mysql-server
sudo apt-get install php5 libapache2-mod-php5
sudo apt-get install phpmyadmin
Now, you are able to type 127.0.0.1 or "localhost" on your address line through the browser. This is first but not the last step to complete LAMP.
Default index.html file is in /var/www folder. The problem, it is not allowed to read and write. That means you have to change the main directory of LAMP.
To copy the default file:
sudo cp /etc/apache2/sites-available/default /etc/apache2/sites-available/mysite
Create a new config file by using nano (or gedit) text editor:
sudo nano /etc/apache2/sites-available/mysite
Change the DocumentRoot (/var/www) to the new location site:
/home/user/www/
user is the root name of your Linux system.
Restart Apache2 to activate new settings:
sudo /etc/init.d/apache2 restart
That's all.

Kernel driver not installed (rc=-1908)
Here is the solution briefly:
Run Terminal
sudo apt-get install dkms
sudo /etc/init.d/vboxdrv setup
Cheers,
Run Terminal
sudo apt-get install dkms
sudo /etc/init.d/vboxdrv setup
Cheers,
Making the mouse pointer color black in UBUNTU
This article tells you how to change color of the mouse pointer to black in Ubuntu OS. There are several options you can find in the web. Here is one of the simplest way:
- Run Terminal:
~$ gksu gedit /usr/share/icons/default/index.theme
and then change "DMZ-White" to "DMZ-Black"
save and exit. That's all. I suggest you to restart your PC.
- Run Terminal:
~$ gksu gedit /usr/share/icons/default/index.theme
and then change "DMZ-White" to "DMZ-Black"
save and exit. That's all. I suggest you to restart your PC.

How to delete a panel in UBUNTU?
The answer is very simple actually. All you have to know how to use some keybindings: Let's try this:
1. Stay on the panel you want to delete (mostly panel on the bottom edge)
2. Alt + Super + Right Click (press respectively while holding down previous one)
3. The pop-up menu appears
4. Click "Delete" option
"Super" is the key mostly next to "Alt" with Windows icon above or Mac icon as well.
1. Stay on the panel you want to delete (mostly panel on the bottom edge)
2. Alt + Super + Right Click (press respectively while holding down previous one)
3. The pop-up menu appears
4. Click "Delete" option
"Super" is the key mostly next to "Alt" with Windows icon above or Mac icon as well.
Saturday, May 11, 2013
Ubuntu Kurulumunda Boot Hatası: vesamenu.c32 not a com32r image
Bu yazıda, USB ile Ubuntu kurmak istediğinizde karşılacabileceğiniz Boot hatasının çözümü ele alınmaktadır.
Böyle bir durumda cursorun yanıp söndüğü yere "live" yazmanız yeterli olacaktır. Kurulum devam edecektir. Buradaki sorun image olarak oluşturulmuş kurulum dosyalarının live cd olarak tanıtılmamasından kaynaklanmaktadır.
Böyle bir durumda cursorun yanıp söndüğü yere "live" yazmanız yeterli olacaktır. Kurulum devam edecektir. Buradaki sorun image olarak oluşturulmuş kurulum dosyalarının live cd olarak tanıtılmamasından kaynaklanmaktadır.
Ubuntu Alt Panel Nasıl Silinir?
Bildiğiniz gibi varsayılan Gnome masaüstü arayüzünde, alt kenar paneli (bottom panel) yer almaktadır. Masaüstünüzde Cairo veya Docky gibi iOS benzeri bir "dock" kurmak istediğinizde bu panelin orada olması görüntü kirliliğine sebep olabilir. Kaldı ki, kurduğunuz "dock", alt kenar panelinin görevini elinden almış olacaktır. Ubuntu 12.04 öncesi sürümlerde sağ tıklayarak bu ve benzeri panelleri kaldırmak oldukça basit ve kolaydır. Fakat 12.04 üzeri sürümlerde, panelin üzerine geldiğinizde, farenizdeki sağ tıklamanın aktif olmadığını göreceksiniz. Dolayısıyla paneli kaldırmanız sıkıntı olabilir. Bu konu ile ilgili olarak internette değişik yöntemler yer almakta. Ben size en basit yolunu göstermek istiyorum. Şöyle ki:
Alt kenar panelin üzerine gelerek "Alt+Super+Sağ Tıkla" yaparsanız görmek istediğiniz manüplasyon penceresi açılacaktır. Buradan paneli kaldırabilirsiniz.
Not: "Super" tuşu, iOS haricindeki bilgisayarlarda, klavyedeki "Windows" simgesinin olduğu tuştur.
Alt kenar panelin üzerine gelerek "Alt+Super+Sağ Tıkla" yaparsanız görmek istediğiniz manüplasyon penceresi açılacaktır. Buradan paneli kaldırabilirsiniz.
Not: "Super" tuşu, iOS haricindeki bilgisayarlarda, klavyedeki "Windows" simgesinin olduğu tuştur.
Friday, May 10, 2013
Ubuntu Kulaklık Sorunu
Bazen, Ubuntu işletim sistemi kurduğunuz bilgisayarda donanımsal farklılıklardan dolayı problemler ile karşılaşabilirsiniz. Günümüzde, bilgisayarların hardware olarak tabir ettiğimiz donanımsal ekipmanları genelde tekel olarak imal edilmekte. Yani bugün bir ASUS, TOSHIBA, HP, LENOVO vb. dizüstü bilgisayarlar aldığınızda büyük ihtimal üzerlerindeki anakartlar, ekran kartları, dvd-romları, ses kartları gibi ekipmanlar ortak markalardır. Fakat elinizdeki eski bilgisayarınızı tekrar Linux ile canlandırmak istediğinizde yukarıda bahsettiğim problemler ile karşılaşmanız olasıdır. Ben, Ubuntu ile tekrar hayata döndürdüğüm ASUS A6000 serisi laptopumda kulaklık sorunu yaşadım. Bu sorunu iki şekilde yaşayabilirsiniz:
1. Kulaklık taktığınızda hem kulaklıktan hem de hoparlörden ses gelebilir.
2. Kulaklıktan hiç ses alamayabilirsiniz.
Bunun için, alfa-base.conf dosyasında ufak bir değişiklik yapmanız yeterli olacaktır. Öncelikle ilgili dosyanın (alfa-base.conf) bir kopyasını oluşturmak, herhangi bir problemle karşılaşma ihtimaline karşı alınmış bir önlemdir. Böylelikle orjinal dosyayı tekrar kullanabiliriz.
- Terminal açılır: sudo cp /etc/modprobe.d/alsa-base.conf /etc/modprobe.d/alsa-base.conf_BACKUP (yedeklemek için)
- sudo gedit /etc/modprobe.d/alsa-base.conf (dosya açılır)
- "options snd-hda-intel model=z71v position_fix=1" text dosyasının sonuna eklenir.
- Dosya kaydedilir.
- Ubuntu tekrar başlatılır ve kulaklık takılarak denenir.
Ubuntu 12.04 "Gnome Classic" Masaüstü Arayüzünün Yüklenmesi
Bu yazı, Ubuntu 12.04 veya benzeri sürümlerde Gnome masaüstü arayüzünün nasıl yükleneceğini anlatmaktadır. Bilindiği üzere 12.04 LTS ve üzeri sürümlerde varsayılan olarak Unity masaüstü arayüzü gelmektedir. Kişisel görüşüm olarak ben Unity masaüstü yerine Gnome klasik görüntüyü daha kullanışlı bulduğum için tercih etmekteyim. Aynı fikri paylaşan arkadaşların Terminali açarak aşağıdaki komutları yazıp çalıştırmaları bu isteği yerine getirecektir.
sudo apt-get install gnome-session-fallback
veya
sudo apt-get install gnome-panel
sudo apt-get install gnome-session-fallback
veya
sudo apt-get install gnome-panel
Her ne kadar iki komutunda aynı işi yapacağı söylense de benim yaptığım kurulumda ikinci komut işe yaramıştır. Ben yine de her iki koda da yer verdim. Yükleme yapıldıktan sonra "Log out" ile çıkış yaparak, giriş ekranında Gnome Classis seçeneğini seçebilirsiniz.
Subscribe to:
Posts (Atom)